Родился 12 октября 1960 в г. Домеле Латвийской ССР в семье военнослужащего.
В 1983 окончил экономический факультет ЛГУ, затем - аспирантуру в Институте экономики АН СССР. Кандидат экономических наук.
Работал по распределению в Институте социально-экономических проблем (ИСЭП).
С осени 1990 - заместитель председателя комитета Ленгорисполкома по экономической реформе. С сентября заместитель председателя Комитета мэрии по управлению зоной свободного предпринимательства. С ноября 1991 по август 1992 - заместитель председателя Комитета по экономическому развитию по вопросам инвестиционной политики. С января 1993 - председатель Комитета экономики и финансов мэрии, с 1994 по 1996 одновременно - первый заместитель мэра Санкт-Петербурга.
Для работы на рынке инвестиций
Кудрин создал в Санкт-Петербурге городской банк реконструкции и развития.
В 1996 руководил предвыборной кампанией А. Собчака, в которой Собчак проиграл В. Яковлеву.
1 августа 1996 был назначен заместителем руководителя Администрации Президента РФ - начальником Главного контрольного управления ГКУ Администрации Президента. Занимал должность до 26 марта 1997.
С 26 марта 1997 - первый заместитель Министра финансов РФ.
4 апреля 1997 назначен представителем государства в РАО "ЕЭС России".
С мая 1997 по 6 апреля 1999 - заместитель управляющего от РФ в Международном валютном фонде (МВФ).
С мая 1997 по март 1999 - заместитель управляющего от РФ в Европейском банке реконструкции и развития.
С 19 сентября 1997 - заместитель председателя Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности.
В октябре 1998 назначен заместителем полномочного представителя РФ в совете Межгосударственного банка.
13 ноября 1998 Указом Президента РФ утвержден представителем РФ в Исполнительном Комитете Союза Беларуси и России.
В январе 1999 подал в отставку с поста первого заместителя Министра финансов РФ.
С 18 января 1999 - первый заместитель председателя правления РАО "ЕЭС России".
1 июня 1999 был назначен первым заместителем Министра финансов РФ.
6 июля 1999 назначен и. о. статс-секретаря - первого заместителя Министра финансов РФ.
С 18 мая 2000 - заместитель Председателя Правительства РФ - Министр финансов РФ.
21 июня 2000 избран председателем совета директоров Агентства по реструктуризации кредитных организаций (АРКО).
Действительный государственный советник 1-го класса.
Женат. Жена Вероника - бывший журналист, работала пресс-секретарем банка "Империал" в Санкт-Петербурге. Дочь Полина (1987).